En el marco del paradigma educativo centrado en el aprendizaje, en particular de los modelos constructivistas, los programas de estudio y los materiales en línea de B@UNAM están diseñados para la adquisición de conocimientos y desarrollo paralelo de habilidades, a partir de la participación activa del estudiante. Así, toda la organización curricular y el trabajo pedagógico a lo largo del proceso de creación del bachillerato tienen como propósito que el estudiante aprenda y que lo haga de manera significativa. Ello se logra a partir de una administración de contenidos graduada, que aprovecha al máximo el medio electrónico y que permite a cada estudiante individual enfrentar materiales ajustados a su nivel cambiante de competencia en la asignatura.
El diseño curricular permite incluir ejes integradores que fomenten, de manera transversal, el desarrollo de habilidades. Así, cada asignatura no sólo aborda contenidos declarativos, sino habilidades múltiples que se van desarrollando en cada módulo sucesivo. Con ello, el estudiante puede adquirir conocimientos , a la vez que desarrolla actitudes y valores, habilidades de estudio, capacidad de reflexión y autonomía en el aprendizaje, así como habilidad para participar de diversas formas, en actividades grupales.
El plan de estudios B@UNAM consta de 240 créditos organizados en cuatro módulos, cada uno con seis asignaturas de 80 horas de trabajo académico cada una, que suman 1,920 horas del programa. Adicionalmente, los cursos propedéuticos requieren 100 horas, lo que da como total 2,020 horas de dedicación. De los 240 créditos, 230 están distribuidos entre las 23 asignaturas obligatorias y 10 corresponden a una asignatura optativa. Cada módulo tiene una duración de seis meses.